中建工程设计有限公司下设9个职能部门：办公室、干部人事部、财务资金部、商务合约部、党建工作部、技术质量部、市场部、工程总承包管理中心、研发中心。
各部门主要职能如下：
办公室主要负责：综合协调、文件、信息管理、印信、证照管理等工作、会议管理、办公标准化、办公信息化、档案管理、保密管理、文件写作、舆情监控、外事管理、公共关系管理、应急管理、安全及总部和子分公司等的协调联系等职责。战略规划与管理、政研写作、重大事项督办、机构撤立、并购重组、管理体系建设等工作。
干部人事部主要负责：人力资源管理体系建设、薪酬与考核、教育培训、劳动关系，负责管理团队及后备队伍建设等工作。
财务资金部主要负责：会计核算、预算管理、利润分配管理、资产管理、税务管理、统计管理、财务信息化管理、资金管理、印章等工作。
商务合约部主要负责:商务合约与项目投标、备案管理、战略合作及客户管理、资质管理、设计采购管理、内部生产经营管理、业务引领和建设工作。
技术质量部主要负责：技术质量管理和服务、技术培训、工程项目评优报奖、三标体系贯标、技术档案和技术图书管理、技术委员会的归口管理等工作。
党建工作部主要负责：党建工作、工会工作、团委工作、宣传工作、尊龙人生就是博首页的文化建设、评优表彰、党群工作文件。
市场部主要负责：战略合作及客户管理、生产经营管理、业务引领和建设工作。
工程总承包管理中心主要负责：epc总承包项目、工程监督管理及服务、工程项目安全质量、工程项目实施过程中的重大事项及总承包体系建设等工作。
研发中心主要负责：科技研发管理、科技成果管理、技术管理及技术服务、科技管理体系建设等工作。